В первую очередь отметим, что факт оплаты стоимости аренды директором необходимо отразить в учете. На основании статьи 313 Гражданского кодекса, ваша компания должна возложить на него обязанности перечисления арендной платы. ООО может заключить с физическим лицом договор об оплате арендных платежей в пользу компании. Либо выдача ему денежных средств должна оформляться авансовыми отчетами.

Что касается НДС, то в соответствии с подпунктом 17 пункта 2 статьи 149 Налогового кодекса, аренда государственной земли не облагается этим налогом. Среди специалистов есть мнение, что арендатор имеет право не представлять нулевые декларации по НДС в указанном случае. Но позиция налоговых органов такова: несмотря на освобождение платы за аренду госземли от налога, арендатор должен подавать нулевые декларации по НДС (письмо УФНС России по г. Москве от 27.03.2007 № 19-11/28227). Это следует делать и в том случае, если компания находится на льготном режиме налогообложения или в указанном периоде имела только необлагаемые операции.

Пока налоговая инспекция, вероятно, не в курсе, что ваша компания должна представлять декларацию по НДС. Чаще всего в отношении организаций, применяющих спецрежимы, такая информация выявляется во время выездных проверок. На основании пункта 1 статьи 119 НК РФ, за каждую несданную декларацию ИФНС может выставить вам штраф размером в 1 тыс. рублей.