Начнем с того, что права на вычет НДС, указанного в счете-фактуре поставщика, ваша организация не имеет. Такие вычеты предусмотрены для плательщиков этого налога, а вы таковым не являетесь. Поэтому оплатить придется всю сумму НДС, выделенного в выставленном вами счете-фактуре.

Уплатить налог и отчитаться необходимо по окончании квартала, в котором состоялась реализация. Крайний срок — 25 число первого месяца следующего квартала. То есть если вы провели указанные операции в IV квартале 2017 года, то уплатить НДС и подать декларацию должны до 25 января 2018 года. Декларация подается в электронном виде по ТКС.

Поскольку вы применяете УСН, то вся сумма налога должна быть уплачена сразу. То есть права разделить ее на три части и уплатить в каждом из месяцев следующего квартала вы не имеете.

Что касается расходов по уплате НДС, то их следует включить в стоимость приобретенных товаров. Если бы вы применяли в качестве объекта УСН доходы за вычетом расходов, то могли бы отнести НДС на расходы.