С началом будущего года вступят в силу поправки в Налоговый кодекс, внесенные Федеральным законом N 84-ФЗ от 6 апреля 2015 г.

Первое изменение разрешает компаниям, у которых есть филиалы и (или) представительства, применять УСН. Согласно действующей редакции подпункта 1 пункта 3 статьи 346.12 НК РФ, такие компании пока не имеют права применять упрощенную систему налогообложения. С наступление 2016 года это ограничение будет снято.

Второе новшество направлено на борьбу с двойным налогообложением субъектов, применяющих некоторые налоговые спецрежимы. В общем случае плательщики ЕСХН и компании на УСН и освобождены от уплаты НДС. Однако согласно норме пункта 5 статьи 173 НК РФ, когда организация данного типа выставляет счета-фактуры с выделением НДС, у нее возникают обязанность перечислить в бюджет сумму налога, содержащуюся в счете-фактуре.

При этом выручка от реализации товара, а в ее составе и НДС, подлежит включению в базу доходов, с которых впоследствии платится единый налог в связи с применением УСН или ЕСХН. Таким образом, некоторые из субъектов указанного типа оказывались в ситуации двойного налогообложения, уплачивая с одних и те же доходов и НДС, и налог при УСН (либо ЕСХН).

Поправки, вступающие в силу в следующем году, вносят изменения в статьи 346.15 и 346.5, которые устанавливают порядок определения доходов компаниями на УСН и ЕСХН. Ранее доходы таких субъектов определялись в соответствии со статьями 249 и 250 НК РФ, которые предполагают включение суммы полученного НДС в налогооблагаемую базу. Теперь доходы компаний, применяющих указанные налоговые режимы, будут определяться в соответствии со статьей 248 НК РФ. В этой статье содержится норма об исключении из состава доходов сумм налогов, предъявленных налогоплательщиком покупателю.

Кроме того, вносятся изменения в подпункт 22 пункта 1 статьи 346.16: теперь в ней прямо указывается, что налогоплательщик уменьшает свои доходы на сумму НДС, уплаченного в бюджет в соответствии с пунктом 5 статьи 173 НК РФ. Таким образом, двойное налогообложение «упрощенцев» и плательщиков ЕСХН при выставлении счетов-фактур с выделенной суммой НДС исключается.