Нередко компании наряду с деятельностью, облагаемой НДС, осуществляют и необлагаемую деятельность. В этом случае они обязаны вести раздельный учет входного НДС по тем товарам, работам и услугам, которые участвуют и в той, и в другой деятельности. Тот НДС, который относится к товарам, используемым в облагаемый деятельности, можно принять к вычету. А налог по товарам, которые используются в необлагаемой деятельности, учитывается в стоимости произведенной продукции.

Однако в тех налоговых периодах, когда доля совокупных расходов на необлагаемые НДС операции не превышает 5% от общей величины расходов, раздельный учет можно не вести. При этом входной НДС заявляется к вычету полностью — такое правило установлено в пункте 4 статьи 170 НК РФ.

В соответствии с подпунктом 2 пункта 3 статьи 170 Кодекса, если товары, работы или услуги используются для необлагаемых операций, то НДС, вычтенный при их приобретении, следует восстановить. Сделать это нужно в том периоде, когда указанные товары начинают использоваться для необлагаемой деятельности.

При этом налог восстанавливается независимо от размера доли расходов по необлагаемым операциям. То есть НДС, принятый к вычету в том периоде, когда можно было не вести раздельный учет, должен быть полностью восстановлен, когда товары начинают использоваться в необлагаемых операциях.

Такие пояснения дает Минфин России в своем письме от 05.04.2017 № 03-07-11/20205.