С начала текущего года ответы на требования по НДС-декларации необходимо направлять строго в электронном виде — правило введено пунктом 3 статьи 88 Налогового кодекса. Требование распространяется на всех налогоплательщиков, которые отчитываются по НДС в электронной форме.

Ваша организация на ОСНО, значит, вы обязаны подавать декларации по НДС и пояснения в электронном виде. И тот факт, что вы отнесли ответ на бумаге в установленный срок, роли не играет. По закону такой ответ не считается представленным, даже если в ИФНС его приняли и поставили соответствующую отметку.

Сейчас подавать электронный ответ уже смысла нет, поскольку ответственность за непредставление и за несвоевременное представление информации одинакова. Это штраф в размере 5 000 рублей в соответствии с пунктом 1 статьи 129.1 НК РФ. Он налагается в случае, если в установленный срок от налогоплательщика не последовало ни ответа, ни уточненной декларации. Так что если за спорный период вы не подавали «уточненку» по НДС, которая бы сняла все вопросы налоговиков, то высок шансы получить штраф.