Из описания ситуации складывается впечатление, что поставщик оказался недобросовестным налогоплательщиком, то есть не имеет намерения уплачивать НДС и подавать отчетность. Это может повлечь проблемы и для его партнеров. Дело в том, что налогоплательщики обязаны проявлять должную осмотрительность при выборе контрагентов (постановление Пленума ВАС РФ от 12.10.2006 № 53).

В такой ситуации, в первую очередь, нужно представить счета-фактуры и прочие документы и пояснения, которые требует налоговый орган. Далее представителей компании должны ознакомить с актом камеральной проверки и пригласить на рассмотрение ее материалов.

Решение о том, разрешить вычет спорных сумм или нет, налоговики должны принять только после этого.

Как показывает практика, если поставщик не уплатил НДС, то налоговики обычно снимают покупателю вычет, доначисляют налог, пени и налагают штраф. Решение ИФНС можно обжаловать в вышестоящей инстанции.
Если это не поможет, придется обращаться в суд. Опыт показывает, что и там добиться признания вычета будет сложно, но можно. Приготовьтесь доказать, что не состоите в сговоре с неплательщиком НДС, а также что при заключении договора вы осуществили тщательную проверку этого контрагента — для этого чаще всего бывает достаточно заключенного договора на приобретение сервиса Контур.Фокус.

Также следует собрать всю информацию о ненадежном поставщике, которую вы только сможете найти. Если сумма спорного вычета более 5 млн рублей, то стоит обратиться в полицию с заявлением о налоговом преступлении, которое уже совершенно или готовится. Кроме того, всю найденную информацию следует передать в ИФНС. Если инспекция не станет предпринимать каких-либо действий в отношении недобросовестного налогоплательщика, можно подать на нее жалобу в прокуратуру.