Документом для начисления НДС у продавца служит не договор, а выставленный счет-фактура. Субъекты, применяющие УСН, не освобождаются от уплаты НДС и подачи декларации по этому налогу, если выставляют счета-фактуры с НДС. Следовательно, если ИП на УСН выписал своему контрагенту счет-фактуру с выделенной суммой налога, то должен был уплатить ее в бюджет. Если же, получив частичную оплату, по какой-то причине он выписал счет-фактуру на всю сумму сделки, то уплатить нужно было всю причитающуюся сумму НДС. Иначе налог будет доначислен.

Кроме того, по окончании периода, в котором состоялась сделка, ИП должен был подать декларацию. При этом стоит учитывать, что отчетность по НДС принимается строго в электронном виде по каналам ТКС — бумажную декларацию подать нельзя. Если отчетность не подавалась, ИФНС может наложить штраф.

Также отметим, что если субъекты на УСН выставляют счета-фактуры без НДС, то обязанности уплачивать налог и отчитываться у них не возникает.