Действительно, на практике такие ситуации складываются достаточно часто. В связи с этим Министерство финансов выпустило специальное разъяснение, которое содержится в письме от 28.07.16 № 03-07-11/44208.

Чиновники указывают, что если счет-фактура по оприходованному в прошлом квартале товару получен в начале следующего, а именно до 25 числа первого месяца нового квартала, то заявлять о вычете НДС по этим товарам можно в том периоде, в котором они были поставлены на учет. Другими словами, если счет-фактура был получен до конца срока подачи декларации, то НДС можно заявить к вычету, отчитываясь за завершившийся квартал. Это следует из пункта 1.1 статьи 172 Налогового кодекса России.