Обратимся к статье 78 Налогового кодекса. В пункте 1 сказано, что суммы излишне уплаченных налогов могут быть зачислены в счет предстоящих платежей по этому налогу, а также по другим налогам. Кроме того, они могут засчитываться в качестве погашения недоимки по налогам, штрафам и пеням либо быть возвращены налогоплательщику. И тут же идет оговорка, что зачет излишне уплаченных сумм налогов — федеральных, региональных и местных — производится строго по соответствующим видам налогов. Другими словами, недостача и переплата могут быть зачтены в рамках одного бюджета.

НДС является федеральным налогом, небольшая часть налога на прибыль также идет в федеральный бюджет. Это означает, что в качестве недостачи по НДС вам может быть зачтена только «федеральная» часть переплаты по налогу на прибыль. А вот переплату в бюджет субъекта РФ в качестве оплаты недостачи по НДС зачесть не получится.