В соответствии со статьей 148 НК РФ, услуги по транспортировке груза в случае, когда пункт отправления и назначения находится в ЕС, считаются оказанными за пределами России. Это общее правило, однако в данном случае оно не действует. Дело в том, что договор о перевозке груза будет заключаться между компаниями из России и страны ЕАЭС. А в этом случае порядок взимания НДС определяется не по российским правилам, а в соответствии с разделом IV Протокола о порядке взимания косвенных налогов (далее — Протокол), который является приложением к договору о Евразийском экономическом союзе от 29.05.14. Такова точка зрения Минфина (письмо от 14.07.2015 № 03-07-13/1/40343). Приоритет правил международных договоров России, которые содержат нормы налогообложения, над правилами отечественного законодательства, установлен статьей 7 НК РФ.

Раздел IV Протокола содержит положение о том, что местом реализации услуг является территория того государства, к которому относится оказывающая их сторона. Таким образом, в указанном случае местом реализации услуг по перевозке будет считаться Россия, даже несмотря на то, что пункты отправления и назначения находятся за ее пределами. А в России такая деятельность является объектом обложения НДС.

Более того, в соответствии с российским законодательством, указанная перевозка не будет считаться международной. Под международной понимается такая перевозка, при которой пункт отправления или пункт назначения товаров расположен за пределами РФ. То есть международная перевозка связана с пересечением границы России. В указанном же случае пересечения границы при перевозке не будет, поскольку оба пункта находятся за пределами страны. Поэтому положения подпункт 2.1 пункта 1 статьи 164 НК РФ в данном случае не применяются.

Таким образом, операция будет облагаться НДС по ставке 18%.