На этот счет Министерство финансов недавно выпустило разъяснение, которое содержится в письме №03-07-13/1/74489 от 18.12.15.

Вопрос применения НДС регулируется в указанном случае Протоколом о порядке взимания косвенных налогов и механизме контроля за их уплатой при экспорте и импорте товаров, выполнении работ, оказании услуг (приложение N18 к Договору о Евразийском экономическом союзе от 29.05.14). На основании этого документа (пункт 3 раздела II), место реализации товаров определяется в соответствии с законодательством входящих в организацию стран. Согласно статье 147 НК РФ, если товар в начале отгрузки и транспортировки находился на территории нашего государства, то местом его реализации признается Россия. Таким образом, товары, вывезенные на ответственное хранение в Казахстан и проданные там, считаются реализованными на территории Российской Федерации. Следовательно, операции по продаже этих товаров подлежат обложению НДС.

На сегодняшний день по указанным операциям применяется ставка НДС 0%. Она действует при условии, что при подаче декларации налогоплательщик представил в ФНС ряд дополнительных документов. Среди них заявление о ввозе товара, выписки из банка, подтверждающие уплату косвенных налогов, товаросопроводительная документация, договоры, счета-фактуры и прочие документы, которые перечислены в пункте 20 раздела III Протокола.