При переходе на упрощенный режим налогообложения следует восстановить суммы НДС, которые были вычтены при приобретении основных средств. Этого требует подпункт 2 пункта 3 статьи 170 Налогового кодекса. Причем сделать это нужно в периоде, который предшествует переходу на УСН. Восстановлению подлежит не весь вычет, а его сумма, пропорциональная остаточной стоимости основного средства без учета переоценки.

Таким образом, если с 1 января 2017 года компания перейдет на УСН, то в IV квартале текущего года следует восстановить в бюджет НДС, вычтенный при приобретении ТС, в указанном выше размере. Это нужно сделать вне зависимости от планов по поводу последующей продажи транспортного средства. С суммы, которая будет получена от реализации этого имущества, дополнительно платить НДС не нужно.