Дело в том, что обязательство уплатить НДС у вашей компании возникло уже давно – при передаче заказчику выполненных работ. То есть тогда, когда вы в одностороннем порядке подписали акты приема-передачи. Такой вывод следует из пункта 1 статьи 167 Налогового кодекса, в котором определено, что моментом возникновения базы по НДС является либо дата оплаты товаров (работ, услуг), либо дата их отгрузки (передачи), в зависимости от того, что наступит раньше. Подписав со своей стороны акт приема-передачи выполненных работ, вы передали их результат заказчику. Следовательно, именно в том периоде нужно было начислить и уплатить НДС.

Такие выводы подтверждаются постановлением Арбитражного суда Западно-Сибирского округа от 12.08.14 по делу № 81-4271/2013. Судом рассмотрена ситуация, в которой заказчик оплатил выполненные работы не в периоде их принятия, а позже. Исполнитель же включил доход от этих работ в базу по НДС в периоде, в котором получил оплату. ФНС усмотрела в действиях исполнителя нарушение. Суды всех инстанций с позицией налоговых органов согласились.

Арбитры указали следующее. Если заказчик уклоняется от подписания акта, исполнитель может подписать его в одностороннем порядке. До тех пор, пока не вступило в силу решение суда, которое бы признало этот акт недействительным, будет считаться, что исполнитель выполнил и передал заказчику работы, в отношении которых этот акт составлен. В рассмотренном случае оплата переданных работ наступила позже их передачи, поэтому моментом возникновения базы по НДС является передача работ на основании указанного акта.

Таким образом, вне зависимости от того, заплатит ли заказчик по исполнительному листу или нет, вам все же придется начислить и уплатить НДС. Вероятнее всего, придется оплатить и пени, набежавшие с того периода, когда вы должны были его уплатить.