В общем случае покупатель, который является плательщиком НДС, может заявить сумму налога к вычету на основании выставленного счета-фактуры, в том числе и по операции возврата товаров ненадлежащего качества (пункт 1 статьи 169 НК РФ). Поэтому обычно счета-фактуры с выделением НДС при возврате брака составляются.

Однако в рассматриваемой ситуации есть некоторые нюансы. Во-первых, поставщик применяет УСН, а, значит, в соответствии с пунктом 2 статьи 346.11 НК РФ, не является плательщиком НДС. Соответственно, вычет предъявленного ему налога поставщик не производил. Во-вторых, компания при покупке товаров также не приняла НДС к вычету. Таким образом, в указанном случае выставлять счет-фактуру с выделением НДС при возврате бракованного товара не нужно.

Аналогичное пояснение по этому вопросу дает Министерство Финансов в своем письме от 10.11.15 № 03-07-09/64631.