Подобный вопрос недавно разъяснялся Минфином в письме № 03-07-11/30606 от 27.05.16.

Чиновники указали, что на основании пункта 1 статьи 154 Налогового кодекса база по НДС определяется как договорная стоимость товара без включения в нее суммы налога. По отдельным составляющим цены, в данном случае, по утилизационному сбору, НДС не начисляется.

Специалисты ФНС также обращают внимание, что утилизационный сбор оплачивается в пользу федерального бюджета. В соответствии со статьей 146 Налогового кодекса его размер не облагается НДС. В связи с этим, если покупатель компенсирует утилизационный сбор производителю самоходной техники, которая реализуется по договорам, заключенным до начала 2016 года (то есть до вступления в силу новой редакции статьи 24.1 закона 89-ФЗ), то НДС этих операций не взимается.