Согласно подпункту 2 пункта 2 статьи 149 Налогового кодекса России, медицинские услуги, оказываемые организациями и частными практикующими врачами, не подлежат обложению НДС (исключение составляют косметические, санитарно-эпидемиологические и ветеринарные услуги, финансируемые не из бюджета). Перечень, услуг, которые освобождены от налога, утвержден постановлением правительства Российской Федерации от 20.02.2001 № 132. Причем указанные в нем услуги не облагаются НДС вне зависимости от источника и формы их финансирования, то есть неважно, оплачивает ли их сам пациент, его работодатель или какое-либо другое юридическое лицо.

Упомянутый выше перечень включает услуги по диагностике в рамках оказываемой населению амбулаторно-поликлинической помощи, в том числе по лабораторной диагностике (Приложение к приказу Минздрава РФ от 11 марта 2013 г. N 121н). Таким образом, реализация этих услуг относится к числу необлагаемых НДС операций. Важно учесть еще одно условие: на основании пункта 6 статьи 149 Кодекса у организации, которая занимается медицинской деятельностью, в том числе лабораторной диагностикой, должна иметься лицензия, предусмотренная Федеральным законом от № 99-ФЗ «О лицензировании отдельных видов деятельности» от 04.05.2011.

Из всего вышесказанного можно сделать вывод, что при наличии лицензии деятельность компании по оказанию лабораторно-диагностических услуг, в том числе по договорам с юридическими лицами, НДС не облагается. Данная точка зрения совпадает с официальной позицией Минфина, изложенной в письме № 03-07-07/14773 от 17.03.2016.