С 1 февраля следует указывать в чеке ставку и сумму НДС, если организация является его плательщиком. В вашем случае в чеке должны содержаться эти реквизиты при реализации товара комитента. Так что все же придется каким-то образом отделять собственный товар от взятого на комиссию. Соответственно, пробивать их нужно отдельно, разными чеками. Возможно, на рынке кассовых аппаратов нового образца существует готовое решение, то есть ККТ, которые могут выбивать чек с НДС и без него. Либо придется заводить вторую кассу, настраивать в ней НДС и пробивать товары комитента через нее.

К слову, разделить товар на свой и комиссионный нужно в любом случае, даже если отбросить необходимость отражения в чеке НДС. При реализации следует четко понимать, чей это товар. Иначе получается, что это определяется уже потом, при подсчете выручки и налогов. Тогда, по мнению налоговых органов, организация может умышлено исказить соотношение товара, реализованного с/без НДС, чтобы уменьшить налог к уплате. Поэтому подобные операции могут вызвать подозрения у налоговиков.