Если предприниматель заплатит недоимку до того, как налоговая инспекция обнаружит ее и пришлет требование об уплате, то штраф накладываться на него не должен. А вот пени оплатить в любом случае придется, поскольку именно такие санкции накладываются в случае несвоевременной уплаты налога в бюджет. Кроме того, за указанный период необходимо подать уточненную декларацию по НДС.

Порядок действий предпринимателя должен быть такой:

  1. Уплата налога в бюджет.
  2. Расчет и уплата пеней в соответствии со статьей 75 НК РФ (1/300 актуальной ставки рефинансирования ЦБ за каждый день просрочки).
  3. Подача уточненной декларации по НДС за I квартал.

Декларацию за II квартал нужно подавать в обычном порядке, то есть до 25 июля включительно. НДС нужно уплачивать тремя равными частями до 25 числа каждого месяца, следующего за отчетным, то есть за II квартал по 1/3 части до 25 июля, 25 августа и 25 сентября.