В том случае, если принятый на учёт товар возвращается поставщику, то счёт-фактуру должен выставить покупатель. В случае если товар не успели оприходовать, то продавец должен выставить корректировочную форму счёта-фактуры. Разъяснение этой ситуации содержится в письме Минфина от 30.03.15 №03-07-09/17466.

Очень часто случаются такие ситуации, когда происходит возврат товара и продавцу приходится корректировать уплаченный НДС. После совершения отгрузки, поставщик на основании выставленного счёта-фактуры уплачивает в бюджет налог. В случае возврата, этот налог можно восстановить, но для этого нужны соответствующие документы. В книге продаж регистрируются все выставленные счета-фактуры, а также те, которые возникли в связи с возвратом товара. Только на основании зарегистрированных документов производится расчёт суммы НДС и его возврат. Покупатель, принявший на учёт приобретённый товар обязан выставить поставщику возвратную счёт-фактуру по принципу обратной реализации.

В случае если проданный товар не был оприходован у покупателя, то счёт-фактуру должен выставить сам продавец. Причём в случае неполного возврата или изменения количества и цены продавец выставляет корректировочный вид счёта-фактуры. Весь документооборот должен быть проведён на основании заключённых договоров, накладных и подтвержденного согласия покупателя об отсутствии претензий. Такой порядок оформления счетов-фактур и книги продаж прописан в п.3 ст. 168 и п.10 ст.172 Налогового Кодекса РФ. Продавец должен зарегистрировать в своей книге продаж корректировочный документ в том периоде, когда произошёл возврат. Покупатель при возвратной реализации в случае взятия товара на учёт регистрирует в книге покупок входящий документ, а в книге продаж указывает возвратную счёт-фактуру и сумму корректировки.