В том, что в договоре купли-продажи автомобиля ИП фигурирует как физическое лицо, нет ничего особенного — это обычная практика. Это не должно препятствовать возмещению НДС, если авто принято к учету и используется в облагаемой НДС деятельности. Предприниматель — это и есть физическое лицо, которое решило заняться бизнесом. Более того, даже если в договоре будет указано, что покупателем выступает ИП, права и обязанности по этому договору все равно относятся к физическому лицу. Закон не разделяет имущество человека, который является ИП, на «личное» и «предпринимательское».

Тот факт, что продавец зафиксировал счет-фактуру с кодом 26, не может лишать покупателя права на вычет или возмещение НДС. Просто сейчас в данных продавца и покупателя возникло несоответствие, что и было выявлено налоговым органом при сопоставлении их деклараций по НДС. С финансовой точки зрения, в указанном случае налоговикам выгоднее наказать предпринимателя. Однако закон на его стороне, поскольку выполняются все требования для вычета НДС: автомобиль принят к учету и используется в деятельности, облагаемой НДС, а у покупателя есть счет-фактура.

Поскольку пока никаких конкретных претензий предпринимателю налоговый орган не предъявляет (устное мнение инспектора в расчет не берем), нужно своевременно ответить на требование и приложить счет-фактуру. Возможно, этого будет достаточно. Если же нет, то последует акт проверки с отказом в возмещении НДС и его обоснованием. Тогда нужно будет обдумывать дальнейшую тактику своих действий. Однако это как раз тот случай, когда за вычет стоит бороться, в том числе и в суде.