Что касается второго расхождения, то ситуация весьма стандартная. В декларации по НДС реализация на экспорт отражается в периоде, в котором собран весь комплект документов, подтверждающих нулевую ставку налога. Обычно это происходит в более позднем периоде, чем тот, в котором отражается в учете выручка от реализации экспортного товара для целей налогообложения прибыли. Если это ваш случай, в ответе на требование следует указать, что в декларации по НДС за указанный период не отражена сумма реализации на экспорт, облагаемая по ставке 0%.

Теперь по поводу первого расхождения. За 2 квартал 2015 года следовало подать уточненную декларации по НДС. После правки документов выручка за этот период возросла и, судя по всему, возросла и налогооблагаемая база по НДС. То есть в первоначально поданной декларации сумма налога была занижена. А в этом случае, в соответствии с пунктом 1 статьи 81 НК РФ, налогоплательщик обязан подать уточненную декларацию.

Если уточненная декларация не подавалась, скорее всего, помимо доначисления НДС, компании будет выставлен штраф в размере 20% от неуплаченной суммы налога. Если бы уточненная декларация была подана до того, как вы узнали о выявлении ошибки проверяющими, то штрафа можно было бы избежать (при условии, что недоплаченная сумма налога, а также набежавшие пени, были уплачены на момент подачи «уточненки»).