В соответствии с письмом Минфина РФ от 06.05.2010 N 03-07-14/32, в указанном случае рекомендовано начислять НДС сверх суммы, полученной с покупателя. Таким образом, если судиться с ФНС желания нет, то следует так и поступить.

При этом в книге продаж нужно отражать сумму накладной с учетом начисленного «сверху» НДС, указывая, что он входит в состав цены. Пример: при фактической отгрузке на 10 000 рублей в книге продаж указывайте 11800 рублей, в том числе НДС 1800 рублей.

Однако отметим, что позиция Минфина, которой руководствуются в ФНС, весьма спорна. В судебной практике есть примеры, когда налогоплательщикам удавалось убедить арбитров в правомерности начисления НДС не«сверху» цены, а в ее составе. Например, Постановление ФАС Западно-Сибирского округа от 11.06.2014 по делу № А27-9994/2013.