Избежать штрафа при подаче «уточненки» по НДС можно в нескольких случаях:

  1. Когда налогоплательщик самостоятельно обнаружил ошибки, которые привели к занижению суммы НДС, еще до того, как о них стало известно налоговым органам (либо до того, как налогоплательщик узнал о назначении выездной проверки). При этом перед подачей уточненной декларации он доплатил НДС, а также рассчитал и уплатил пени.
  2. Когда проверка не выявила нарушений, в результате которых была занижена база по НДС, однако налогоплательщик позже нашел их сам. В этом случае также следует перед подачей «уточненки» доплатить НДС и пени.
  3. Когда за налогоплательщиком числится переплата по НДС, которой хватит и на покрытие суммы недоплаченного налога, и на уплату пеней. Девятый Арбитражный апелляционный суд в своем постановлении от 20.12.16 № 09АП-59133/2016 указал, что в подобных случаях сумма переплаты последовательно списывается в счет платежей, которые связаны с уточнением отчетности.

Такова точка зрения Минфина, изложенная в письме от 23.05.17 № 03-02-07/1/31591.