Прежде всего вспомним о том, что в соответствии с пунктом 2 статьи 171 НК РФ, принять к зачету можно лишь суммы налога, предъявленные налогоплательщику при приобретении товаров (услуг, работ, имущественных прав). Основанием для этого служит счет-фактура — документ, который составляется продавцом при реализации.

Однако выставление претензии реализацией не является. С точки зрения контрагента, получившего груз, выставить счет-фактуру на сумму претензии было бы ошибкой, ведь для этого нет никаких оснований. Как и для того, чтобы ваша компания осуществила вычет налога, входящего в эту сумму. Чиновники Минфина своих письмах и судьи в определениях неоднократно поясняли, что санкции, связанные с возмещением ущерба, не относятся к реализации и не являются объектом обложения НДС.

Таким образом, даже если бы контрагент выставил вам счет-фактуру на сумму претензии, принять на его основании к вычету НДС все равно бы не получилось. Эту сумму, включая входящий в ее состав налог, нужно списать на внереализационные расходы.