Нормами Налогового кодекса РФ (Глава 26.2) не предусмотрено право налогоплательщика, который перешел на УСН «доходы», уменьшить единый налог на сумму НДС, восстановленного при переходе. Указанные суммы нужно было отразить в расходах по налогу на прибыль за 2016 год (пункт 1 статьи 264 НК РФ). Сейчас можно сделать перерасчет и подать уточненную декларацию по налогу на прибыль.

Альтернативный вариант — вычесть НДС, если компания вернется на ОСНО (письмо Минфина РФ от 26.04.2004 № 04-03-11/62). Причем перейти обратно на основную систему нужно не позднее чем через 3 года после принятия к учету товаров, по которым был. Тогда будет действовать норма пункта 2 статьи 171 НК РФ, которая позволяет принимать НДС к вычету в течение трех лет с момента оприходования товаров. Однако не исключено, что свое право придется отстаивать в суде, поскольку в Минфине однозначной позиции по этому вопросу нет (письма от 23.06.2010 № 03-07-11/265, от 27.01.2010 № 03-07-14/03, от 30.06.2009 № 03-11-06/3/174, от 08.10.2008 № 03-07-07/101).