По факту услуга оказана и ее реализация оформлена, что подтверждается актом. Вычеркнуть ее из книги продаж и подать «уточненку» не получится, несмотря на то, что услуга не была оплачена. Ведь тот факт, что оплата от заказчика не поступила, не имеет никакого отношения к моменту определения базы по НДС. В пункте 1 статьи 167 Налогового кодекса сказано, что этот момент наступает либо когда поступает предоплата, либо когда услуги считаются оказанными — в зависимости от того, какое из этих обстоятельств наступит раньше. В вашем случае услуги оказаны, а значит, есть и момент определения базы по НДС.

Таким образом, необходимо уплатить НДС за 4 квартал 2016 года, даже несмотря на то, что оплата от заказчика так и не поступила. Поскольку срок уплаты за указанный период давно прошел, вы также рискуете получить штраф на основании статьи 122 НК РФ. Целесообразно погасить задолженность по НДС как можно скорее, а также рассчитать и уплатить пени.