Согласно пункту 7 статьи 171, организация вправе заявить о вычете сумм НДС по расходам по транспортировке сотрудников к месту командировки и обратно, включая плату за постельные принадлежности в поездах. Таким образом, налог по указанным расходам принять к вычету можно.
Хотя в общем случае вычет по каким-либо другим документам, кроме счетов-фактур, неправомерен, для некоторых расходов законодательство делает исключение (пункт 1 статьи 172). В данном случае вычет будет производиться на основании самого билета, который является бланком строгой отчетности (БСО).
Теперь что касается порядка учета. Обратимся к Правилам ведения книги покупок, применяемой при расчетах по налогу на добавленную стоимость (Постановление Правительства РФ от 26.12.2011 № 1137). Согласно их пункту 18, заполненный в установленном порядке БСО или его копию следует зарегистрировать в книге покупок. Отметим, что билет при этом должен быть включен командированным сотрудником в отчет о командировке. Кроме того, необходимым условием принятия такого БСО к вычету является наличие в нем суммы НДС, выделенной отдельной строкой. Внимание на это требование обращают в Минфине, отвечая на аналогичный вопрос в письме № 03-07-11/11033 от 26.02.2016.