Из текста вопросы непонятно, является ли ваша компания плательщиком НДС или нет, поэтому предположим, что является. Также будем исходить из того, что оборудование по своему происхождению или назначению не попадает под льготы, а компания, которой вы его реализовали, является плательщиком НДС.

Если выручка, которую вы получили за продажу медтехники, была включена в базу по НДС, то никаких вопросов по уплате налога у инспекторов ИФНС к вам возникнуть не должно. Если же вы не включили выручку от реализации медоборудования в базу по НДС, то эту ошибку надо исправлять как можно скорее. Следует исчислить НДС и пени за просрочку, произвести эти платежи и подать уточненную декларацию за соответствующий период. Если налоговые органы пока не узнали об этой ошибке, то есть шансы избежать штрафа. Однако важно, чтобы уплата недоначисленного НДС и пеней состоялась до подачи «уточненки».