Продавец опасается, что получив отгрузочные документы на возврат товара без НДС, он не сможет вычесть налог, который уплатил при их реализации вашей компании. Однако его опасения беспочвенны. Заявить вычет НДС по возвращенным товарам продавец может на основании того самого счета-фактуры, который он выставил вам при отгрузке.

Порядок таков. Вы выписываете продавцу документы без НДС и возвращаете товар. Он его принимает и проводит в учете. По мере возникновения права на налоговый вычет продавец регистрирует в книге покупок счет-фактуру, который при отгрузке вам этого товара отражал в книге продаж. На этот счет существует разъяснения ФНС, приведенное в письме от 14.05.13 № ЕД-4-3/8562@.

Таким образом, вам следует выставить продавцу документы на возврат без НДС. Также целесообразно написать ему письмо, в котором сослаться на указанные выше разъяснения Налоговой службы.