Компенсация командировочных расходов заказчиком — объект обложения НДС. Поскольку ваша организация является плательщиком НДС, то в счете-фактуре вы должны отразить сумму компенсации с НДС. Чтобы правильно ее рассчитать с учетом того, что часть налога к вычету предъявлена быть не может, целесообразно поступить следующим образом:

  1. Сложить все расходы, которые заказчик должен компенсировать, вне зависимости от того, есть в них НДС или нет, а также может ли он быть предъявлен к вычету.
  2. Отнять от этой суммы сумму налога, который можно заявить к вычету. Например, НДС со стоимости авиаперелета может быть предъявлен к вычету на основании электронного билета, при условии, что в нем налог выделен.
  3. Получившаяся сумма — это сумма компенсации без НДС. Теперь надо рассчитать налог, то есть взять 18% от суммы из пункта 2.
  4. Сложить суммы из пункта 2 и 3, то есть компенсацию без НДС и размер налога.

Получившуюся сумму следует указать в счете-фактуре в качестве компенсации командировочных расходов.