Среди налогоплательщиков довольно распространенной практикой является восстановление в указанном случае суммы НДС. Тем не менее делать этого не нужно. Случаи, в которых необходимо восстановить сумму принятого к вычету налога, перечислены в пункте 3 статьи 170 Налогового кодекса. Недостача, выявленная в результате инвентаризации, к таким случаям не относятся. Следует отметить, что указанный перечень является закрытым и не может быть изменен — на этот счет есть постановление Арбитражного суда Центрального округа от 24.02.16 № Ф10-43/2016.
Приведенный вывод подтверждается и правоприменительной практикой. Также не следует восстанавливать НДС по товарам, которые были похищены либо утрачены в связи с истечением срока годности (постановления Президиума ВАС РФ от 19.05.11 № 3943/11, от 23.10.06 № 10652/06).