В этом случае базой для исчисления НДС будет являться указанная в договоре полная стоимость услуг, включающая затраты на проезд по платным дорогам. Такой вывод содержится в письме Минфина № 03-07-11/47815 от 19.08.15.
Ведомство исходит из следующих рассуждений. На основании пункта 1 статьи 154 НК РФ, при реализации услуг налоговая база по НДС определяется, как стоимость этих услуг без включения в нее налога. При этом исчисление стоимости производится исходя из цен, которые определяются статьей 105.3 НК РФ. На основании пункта 1 указанной статьи, если стороны не являются взаимозависимыми, то цены в сделках между ними признаются рыночными.
Таким образом, базой по НДС в указанном случае будет являться договорная цена услуг по перевозке грузов. По ее отдельным составляющим налог не исчисляется.