Несмотря на то что недвижимость будет участвовать в деятельности, облагаемой и необлагаемой НДС, входной налог при ее покупке принимается к вычету в полном объеме. Далее часть вычета подлежит восстановлению. В соответствии со статьей 171.1 НК РФ, восстановление вычетов НДС по недвижимому имуществу происходит в особом порядке, а именно равными долями в течение 10 лет.
Ежегодному восстановлению в вашем случае подлежит часть принятого к вычету налога, которая рассчитывается, как 1/10 доли, определяемой исходя из стоимости необлагаемых НДС товаров, работ и услуг в общей стоимости реализованных товаров, работ и услуг за этот год. Восстановленная сумма учитывается в составе прочих расходов.
Обоснование — разъяснения Минфина, например, из последнего — письмо от 14 июля 2017 г. № 03-07-11/44832.
