Нет, не может. Во всяком случае, такова официальная позиция Минфина, о которой он неоднократно заявлял в своих письмах. Например, в письме от 05.10.15 № 03-07-11/56700.

Ведомство ссылается на тот факт, что поскольку такой поставщик применяет УСН, то в силу пункта 2 статьи 346.11 он не является налогоплательщиком по НДС. И, соответственно, не должен выставлять счета-фактуры. На основании статьи 169 Налогового кодекса РФ, такая обязанность есть лишь у плательщиков НДС, реализующих товары на территории страны, а также у комиссионеров (агентов), в том числе на УСН, которые продают товар от своего имени.

Таким образом, если покупатель перечислил НДС по счету-фактуре, полученному от продавца, применяющего УСН (кроме комиссионеров и агентов, реализующих товар от своего имени), то заявить о вычете суммы налога он не имеет права.

Однако на практике есть множество примеров, когда арбитражные суды по данному вопросу принимали сторону налогоплательщика, заявившего о вычете НДС по таким счетам-фактурам. Суть рассуждений арбитров такова. Статьи 171 и 172 НК РФ устанавливают право налогоплательщика на вычет при выполнении следующих условий: налог уплачен в бюджет при покупке товаров, товар принят на учет, счет-фактура и первичные документы имеются. Если все эти условия выполняются, то налогоплательщик вправе заявлять о вычете.

В рассматриваемом случае можно сделать следующий вывод. Покупатель может принять НДС к вычету, однако ему с большой долей вероятности придется отстаивать это право в суде. Если такой готовности нет, то вычет НДС по счетам-фактурам, выставленным поставщиком-«упрощенцем», заявлять не стоит.