В этой ситуации имеет место оплата обязательств вашей компании третьим лицом — заказчиком. Вместо предварительной оплаты, которую последний должен был перевести на ваш расчетный счет, он по вашей просьбе перевел денежные средства вашему поставщику. И хотя физически деньги контрагента на ваш расчетный счет не поступили, эта сумма по факту является полученным авансом, поэтому с нее следует уплатить НДС.
На основании пункта 2 статьи 167 НК РФ, моментом определения налоговой базы в этом случае является день оплаты в счет предстоящей поставки, то есть день, когда заказчик оплатил ваш аванс. Из статьи 168 НК РФ следует, что вы должны выставить заказчику счет-фактуру не позднее пяти календарных дней с этой даты.