Подобный случай был недавно разъяснен Минфином (письмо от 23.06.16 № 03-07-13/1/36620). Специалисты ведомства пришли к выводу, что указанные услуги не подлежат включению в базу по НДС. При это они рассуждают следующим образом.
Подпункт 5 пункта 29 Протокола о порядке взимания косвенных налогов (Приложение к договору о Евразийском экономическом союзе от 29.05.2014) определяет, что погрузочно-разгрузочные работы считаются оказанными по месту нахождения исполнителя этих услуг. Таким образом, в указанном случае местом реализации этих услуг считается Казахстан.
В то же время НДС облагаются лишь те операции, которые совершены на территории России. Следовательно, погрузочно-разгрузочные работы, выполненные компанией из Казахстана или другой страны — участницы ЕАЭС, не подлежат обложению НДС.