Начнем с того, что сама по себе ситуация для вас очень рискованная. Получается, ваша компания переводит деньги ООО, не имея на то оснований, так как договор аренды с ним уже не действует. В то же время по существующему договору аренды с ИП вы не платите. Нужно понимать следущее: даже если ООО и ИП по факту связаны, с юридической точки зрения, это совершенно разные субъекты хозяйственной деятельности. Поэтому если предприниматель предъявит вам претензии по поводу неполучения арендной платы, вам будет крайне тяжело доказать, что вы ее оплачивали. Чтобы хоть как-то исправить сложившуюся ситуацию, следует затребовать от ООО письменное подтверждение того, что оно переводило ваши арендные платежи в адрес ИП или производило зачет его задолженности.

Теперь что касается НДС. Раз вы получаете акты от ИП без НДС, то выделять налог в платежке неверно. Нужно направить в адрес ООО письмо, в котором сообщить, что в платежных поручениях с указанными реквизитами вместо суммы НДС следует читать «без НДС».

Естественно, принимать налог по этим платежам к вычету также нельзя. Если вы это делали, следует незамедлительно пересчитать налог без учета вычетов и представить в ИФНС уточненные декларации за соответствующие периоды.