Порядок представления уточненной декларации, а также доплаты сумм налога и пеней, установлен статьей 81 Налогового кодекса. Из пункта 4 этой статьи следует, что если налогоплательщик представил уточненную налоговую декларацию по собственной инициативе, то есть до того, как этого потребовал налоговый орган, то от ответственности за несвоевременное представление отчетности он освобождается. Однако это справедливо лишь при условии, что до сдачи «уточненки» в ФНС налогоплательщик уплатил недостающую сумму налога, а также пени.

Таким образом, следует сначала рассчитать пени, оплатить их и недостающую сумму налога, и только после этого подавать уточненную декларацию по НДС. Расчет пеней производится в соответствии с пунктом 4 статьи 75 НК РФ.