По этому вопросу есть официальная позиция Министерства финансов, которую ведомство приводит в письме №03-03-06/1/1787 от 20.01.2016.

Вне зависимости от момента поставки, сумма принятого к вычету НДС с перечисленной предоплаты должна быть восстановлена. Это следует из подпункта 3 пункта 3 статьи 170 Налогового кодекса. В общем случае НДС с авансового платежа восстанавливается в том периоде, когда принимается к вычету сумма налога по приобретенным товарам.

Однако поскольку поставщик на момент поставки уже будет являться плательщиком ЕСХН, то право на вычет покупатель теряет. Упомянутый выше пункт 3 статьи 170 НК РФ также предусматривает восстановление суммы НДС с перечисленной предоплаты в том периоде, когда произошло изменение условий либо расторжение действующего договора. Таким образом, когда товар будет получен и принят на учет, покупателю следует восстановить ранее принятый к вычету НДС по авансовому платежу.