Заказчик рассчитывает на вычет НДС. А это значит, что одним выделением суммы налога в договоре дело не ограничится. Следующим условием заказчика будет выставление вами счета-фактуры с выделенной суммой НДС, ведь только при наличии такого документа он сможет заявить о налоговом вычете.
Однако для вашей фирмы выставление счета-фактуры повлечет налоговые последствия. Это уже нельзя будет считать ошибочным выделением НДС. Ведь несмотря на то, что плательщики УСН от большинства налогов освобождены, если они по какой-то причине выставляют счета-фактуры, то получают обязанности плательщика НДС. Поэтому если вы согласитесь выставить счет-фактуру, вам необходимо будет уплатить налог в бюджет и отчитаться по НДС.
Обратите внимание, что сдать декларацию по НДС можно исключительно в электронном виде по каналам ТКС. Если вы принесете отчет лично или направите почтой, ИФНС его не примет.
Если для вашей организации этот заказчик важен, то, скорее всего, будет выгоднее снизить стоимость договора на 18%. Вы в любом случае потеряете эту сумму, ведь если согласитесь идти по пути выделения НДС, то уплатите ее в бюджет.